如果能够得到充分利用,血液循环中的肿瘤DNA将为癌症治疗带来一场变革。
2012年,英国癌症研究所的Charles Swanton在对肾脏肿瘤进行DNA测序时发现,单个肿瘤中存在着惊人的遗传学多样性,只有三分之一的突变是整体共有的。此外,癌转移形成的二级肿瘤也与原发瘤大相径庭。
ctDNA是什么
癌细胞在破裂和死亡时,会释放出循环肿瘤DNA(ctDNA)等内容物,这种ctDNA是飘浮在血液中的基因组片段。细胞残骸一般由清道夫细胞(如巨噬细胞)清除,然而肿瘤很大细胞增殖又很快,导致清道夫细胞应付不过来。
对血液中的肿瘤DNA进行检测和测序,可以帮助人们通过取血得到更全面的癌症信息,告诉医生治疗是否已经起作用,肿瘤有没有演化出抗性。
当然这一技术的应用也面临着一些问题。举例来说,不同人的ctDNA水平差异较大,而且ctDNA并不那么容易检测,特别是在肿瘤的早期阶段。另外,人们还需要在更大型的研究中进行验证,看ctDNA是否给出了足够准确的信息。
如果能够克服上述障碍,医生们将能根据ctDNA进行更好的治疗,随着癌症的演化调整治疗策略,Johns Hopkins大学的Victor Velculescu说。“这种技术可以帮助人们最终实现个性化医疗,为癌症领域带来一场新的变革。”
ctDNA发展简史
1948年科学家们首次发现人体血液中存在着循环DNA,癌症患者的循环DNA则发现于1977年。在那之后又过了17年,人们才发现这些DNA含有癌症的标志性突变,说明它们来自于肿瘤。
最开始,循环DNA的实际应用并不在癌症领域。鉴于肿瘤DNA会流入血液,香港中文大学的卢煜明(Dennis Lo)教授推测胎儿DNA应该也能进入血液。1997年他向人们成功展示,孕妇血液中携带着男性胎儿的Y染色体。这一发现允许医生们在怀孕初期通过无创方式检测胎儿的性别,甚至筛查唐氏综合症等发育疾病。这是产前诊断领域的一次革命。
“癌症研究后来才跟上进度,”英国癌症研究所Nitzan Rosenfeld说。这是因为肿瘤DNA比胎儿DNA更难检测,而且早期的测序技术还不够准确可靠。
近十年来随着技术的进步,DNA检测技术已经足够灵敏。举例来说,BEAMing扩增法可将循环DNA连在磁珠上,然后进行分离和计数。即使健康细胞DNA与ctDNA的比值达到10,000:1,BEAMing扩增法也可以有效检测出ctDNA来。
BEAMing扩增法是JohnsHopkins大学的Bert Vogelstein和Kenneth Kinzler开发的。2007年,他们用这一技术对18名肠癌患者的ctDNA进行了跟踪。手术后这些患者的ctDNA水平下降了99%,其中许多患者的ctDNA并没有完全消失。研究显示,手术后仍检测得到ctDNA的患者,基本上都出现了癌症复发。但手术后没有检测到ctDNA的患者,肠癌并没有复发。
这说明ctDNA能够展现患者对手术的应答情况,告知医生他们是否需要进行化疗。研究者们很快也在其他癌症类型中得到了类似的结果。Rosenfel等人发现,ctDNA能够提供晚期卵巢癌和乳腺癌的准确信息。而Diaz等人在至少75%的晚期肿瘤患者中检测了ctDNA,涉及了多种器官,比如胰腺、膀胱、皮肤、胃、食道、肝脏和头颈。(脑癌除外,因为血脑屏障使肿瘤DNA无法进入血液。)
ctDNA有何优势
循环DNA将比人们几十年来鉴定的蛋白指标更加好用,因为ctDNA检测很少有假阳性。此外,ctDNA半衰期只有不到两小时,而绝大多数蛋白指标能在血液中存在几个星期,可见ctDNA能更清晰的反映肿瘤的当前信息。有研究表明,在检测乳腺癌和肠癌时,ctDNA比蛋白质指标更灵敏,还可以跟踪肿瘤的消失、扩散和复发。
血液中的循环肿瘤细胞也是癌症研究的一大热点。不过,ctDNA比循环肿瘤细胞还要灵敏,数量也更多,更适合成为癌症的生物学指标。
ctDNA的最大优势在于,能够对肿瘤的演化和适应性改变进行监控。这样的研究可以回答许多困扰科学家多年的问题,比如,为何那么多靶向性治疗都以失败告终,癌症是怎样发展出抗性的等等。
EGFR在细胞生长和分裂中起到了重要的作用,在癌细胞中特别活跃。Gefitinib和panitumumab是阻断EGFR的抗癌药物,这些药物起初都能有效治疗患者。但几个月后,癌症就会通过其他基因突变(例如KRAS)对它们产生抗性。
要监控患者的癌症发展,医生们目前得进行多次活检,以决定下一步的治疗策略。然而癌症晚期患者通常有好几个需要检测的肿瘤,单个肿瘤中也可能存在不同的抵抗机制。更重要的是,活检有一定的风险性,难以用于肺部等脆弱的器官。相比之下,血检就容易多了。
2012年,Diaz研究团队对接受EGFR抑制剂治疗的患者进行ctDNA分析。他们发现了42种与癌症抗性有关的KRAS突变,利用这些突变可以比传统方法早五个月发现肿瘤的变化。Rosenfeld团队则收集了六名晚期乳腺癌、肺癌和卵巢癌患者的血样,并且进行了完整的外显子组测序。他们由此揭示了癌症抗性的发展路径,例如癌细胞出现突变,阻止药物与其目标结合。
如果医生们能够及时发现癌症的抗性,就可以早点停用已经不起作用的昂贵药物。研究癌症抗性背后的突变,还有助于开发更有效的癌症疗法或者药物组合。“我们的目标是将癌症从一种致命疾病转变为一种慢性病,” Velculescu说。“当治疗不起作用时,可以换用其他的治疗途径。”
科学家们逐渐发现,肿瘤有着很高的异质性,标准程序(tissue biopsy)根本不足以判断癌症的预后情况。而且活检得到的是静态信息,无法准确反映癌症的演化。在这种情况下,ctDNA就成为了科学家们的新希望,它能为人们揭示更多的癌症信息,甚至跟踪癌症的发展。
如果能够得到充分利用,血液循环中的肿瘤DNA将为癌症治疗带来一场变革。
理想与现实
潜力巨大,但目前ctDNA还无法成为临床上的主要诊疗手段。这是因为,最灵敏的ctDNA检测(例如BEAMing)需要事先知道想要检测的突变,但获得这样的信息又相当麻烦。外显子组测序不需要预先知道任何信息,但检测罕见突变的需求深度测序,这样做的成本非常高。
斯坦福大学的MaximilianDiehn决定将上述两种方法的优点结合起来。他的研究团队发现,基因组有一小部分(仅0.004%)在肺癌中反复突变。在获得患者血样之后,对这一部分进行深度测序,能够以低廉的成本检测罕见突变。目前,该团队正在尝试将类似技术用于其他类型的癌症,并在临床试验中加以验证。
几乎所有的活检技术,都不能很好的检测早期癌症。ctDNA在一项研究中检测出了所有II级以上的肺癌,但只检测出了一半的I级肿瘤,这多半是因为晚期癌症能释放出更多的DNA。这个问题无意会限制ctDNA在癌症筛查中的应用。
在ctDNA走入临床之前,还有一些其他的问题有待解决。例如,ctDNA是否能真实反映癌症的特征?转移瘤是否和原发瘤释放同样多的DNA?Diaz指出,人们需要在患者死后快速对所有肿瘤取样,将其与患者生前的ctDNA进行比较。“这将是一项艰巨任务,”他说。
ctDNA提供的信息是否真的能够挽救患者生命或者提高他们的生活质量呢?“光监控肿瘤是不够的,”Johns Hopkins大学的肿瘤学家Luis Diaz说。“实际应用才是我们面临的真正挑战。”
目前,癌症的靶向性治疗还远远跟不上科学家们的癌症研究。如何将研究成果转化为医疗进步,这也是ctDNA研究中最现实的一个问题。
ctDNA可能一时半会儿还无法决定癌症的治疗,不过它仍不失为一个宝贵的研究工具。越来越多的医生正在把ctDNA采集列入自己的常规操作中。
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