双向电泳是等电聚焦电泳和SDS-PAGE的组合，即先进行等电聚焦电泳（按照pI分离），然后再进行SDS-PAGE（按照分子大小），经染色得到的电泳图是个二维分布的蛋白质图。
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Western blot 检测不同样品之间某种蛋白的表达差异，包括磷酸化蛋白的检测。
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在细胞内蛋白质磷酸化是一种重要的翻译后修饰，是由特定位点的蛋白质激酶催化磷酸基团从一个化合物转移到另一个化合物上的过程。调控着细胞的基本进程，如细胞周期调控、细胞生长和分化等。质谱鉴定的磷酸化位点是利用蛋白质经过胰蛋白酶消化后，纯化出磷酸化多肽，鉴定
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Shotgun（鸟抢法）蛋白质混合物鉴定的基本原理是蛋白质溶液或经过SDS-PAGE分离的蛋白质条带经过酶解后形成肽段混合物，肽段混合物经过一维液相色谱或二维液相色谱分离，串联质谱检测，然后通过在相应的数据库中检索，从而鉴定蛋白质
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