无标记定量蛋白质组学（Label-Free Quantitative Proteomics）作为研究生物系统中蛋白表达动态变化的重要工具，已广泛应用于疾病机制研究、药物靶点发现及生物标志物筛选。在无标记定量策略中，数据依赖采集（Data-Dependent Acquisition, DDA）与数据独立采集（Data-Independent Acquisition, DIA）是最常见的两种质谱数据获取方式，各自拥有不同的技术特点和应用场景。本文将围绕这两种策略进行系统对比，帮助科研人员在实验设计中做出最优选择。

一、什么是DDA（数据依赖采集）？

🔹原理简述

DDA是一种“采强不采弱”的数据采集方式。在一次MS扫描中，质谱仪首先进行MS1全扫描，再根据信号强度选择前若干个最强的母离子进行MS2碎裂分析。这种方式可确保获得高质量的MS/MS谱图，适用于蛋白鉴定。

🔹优势

• 谱图质量高：每次碎裂的都是最强信号，信噪比好，便于高置信度鉴定。
• 数据库搜索效率高：获得的MS/MS信息适用于传统的SEQUEST、Mascot等搜索算法。

🔹局限性

• 重复性差：不同样本或不同批次中被选中的母离子可能不同，导致缺失值较多。
• 对低丰度蛋白不友好：高丰度蛋白更容易被选中，低丰度蛋白常被忽略。
• 动态范围受限：复杂样本中高丰度蛋白“遮蔽”效应显著。

二、什么是DIA（数据独立采集）？

🔹原理简述

DIA采用“无差别扫描”策略，将预设的m/z窗口内所有离子统一进行碎裂，不依赖前体离子强度。其代表性技术如SWATH-MS、diaPASEF等。DIA采集到的是系统性的全谱信息，适合定量分析。

🔹优势

• 高重复性和数据完整性：样本间离子选择一致，缺失值显著减少。
• 对低丰度蛋白更友好：全谱采集避免了对高丰度蛋白的偏倚。
• 便于构建可重复的蛋白质组图谱库（Spectral Library）。

🔹局限性

• 数据复杂度高：MS2谱图重叠严重，依赖先进的软件进行解卷积。
• 对算法依赖度高：数据分析需配合DIA专用软件如Spectronaut、DIA-NN、EncyclopeDIA等。

三、DIA与DDA的核心性能对比

四、应用场景选择建议

1、探索性研究/新物种研究

若研究目标为发现未知蛋白、构建蛋白图谱，DDA因谱图质量高、数据库匹配效率好，是优选方案。

2、大规模样本定量/临床队列分析

在大样本队列分析、疾病生物标志物筛选等高通量定量研究中，DIA因数据一致性高、缺失值少，更适合用于差异蛋白筛选与统计分析。

3、质谱图谱库构建策略

常见的做法是先用DDA构建高质量谱图库，再进行DIA定量，这种“DDA+DIA联合策略”兼顾了数据质量与通量，已成为主流方案之一。

无论是DDA还是DIA，各自都有独特优势，科研人员应根据实验目的、样本类型与预算进行科学选择。DIA作为下一代主流趋势，其在定量蛋白质组学中的优势愈发显著。而DDA在谱图库构建与新蛋白发现方面依然不可替代。百泰派克生物科技致力于提供高质量的基于Label Free的定量蛋白组分析服务，广泛适用于基础科研、疾病机制研究、生物标志物筛选及临床转化等多个方向。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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