蛋白质组学的研究深度与广度不断拓展，在多样本、多条件和复杂表型的研究中，数据的稳定性、覆盖度和重现性成为蛋白质定量分析的核心关注点。数据依赖采集（Data-Dependent Acquisition, DDA）技术虽然已被广泛应用于蛋白质组学研究，但随着研究复杂性的提升，DDA逐渐暴露出检测偏倚、低丰度蛋白易丢失、重复性差等局限。数据非依赖采集（Data-Independent Acquisition, DIA）技术的兴起，为高通量、稳定性强的蛋白质定量分析提供了新的解决方案。本文将系统解析DIA技术在蛋白质定量中的优势、瓶颈与适用性。

一、DIA技术定量蛋白的核心机制

DIA质谱的基本原理是将整个母离子扫描范围划分为若干个连续的窗口，在每个窗口中并行碎裂所有母离子离子，以实现全面、无偏的离子采集。

DIA对比DDA采集：

表1. DIA对比DDA采集

二、DIA在蛋白质定量分析中的关键优势

1、提高蛋白检测覆盖度

DDA采集仅碎裂信号最强的前N个母离子（Top-N），在样本复杂或低丰度蛋白较多的情况下，极易出现“信号丢失”。而DIA通过系统地分段采集所有母离子，能显著提高：

（1）蛋白组检测的全面性

（2）对低丰度、调控性蛋白的识别能力

（3）重复样本之间检测结果的一致性

例如，在组织样本、血浆样本或FFPE样本等复杂背景下，DIA常可检测到6000~8000个蛋白，明显优于同等条件下的DDA策略。

2、提升定量结果的重现性和稳定性

DIA采用固定的采集窗口和顺序，避免了DDA中因样本间肽段离子强度波动所引发的“随机丢失”。这种采集一致性使得DIA具备如下优势：

（1）在生物重复样本中获得更小的变异系数（CV值<15%）

（2）更适合进行多组学整合分析与临床队列研究

（3）数据结果适用于高通量自动化分析与AI辅助建模

在百泰派克生物科技的多个大型DIA项目中，我们观察到在20个以上样本的定量实验中，90%以上的蛋白在所有样本中均被一致识别并定量，满足科研统计学需求。

3、可进行谱图库驱动或库自由定量分析

DIA的数据分析支持两种策略：

（1）谱图库驱动型分析（Library-based）：通过先验构建的DDA谱图库进行数据匹配，可获得更高的定量精度；

（2）库自由分析（Library-free or DirectDIA）：适用于没有先验数据的物种或样本类型，依赖先进的算法对DIA数据直接搜索。

这两种方式的灵活组合，使得DIA在未知样本分析、非模式物种研究或实验重复受限的情况下，依然具有广泛适用性。

4、数据具有可重分析性与长期价值

DIA采集过程中记录的是完整的MS/MS碎片数据，这意味着研究者可以在未来任意时间点重新对数据进行解读，如：

（1）更新谱图库重新搜索未识别肽段

（2）增加新蛋白的定量分析目标

（3）与后续的转录组、代谢组数据进行整合分析

相比之下，DDA因其数据采集具有“实时选择性”，无法在实验结束后弥补丢失数据，因此DIA的数据资产价值更高，适合长期课题与平台级研究项目。

三、DIA蛋白质定量中的局限性分析

尽管DIA在蛋白质定量方面具有诸多优势，但仍存在一些技术瓶颈与挑战，科研人员在实验设计与数据解读时需予以注意。

1、谱图复杂度高，干扰碎片影响肽段识别

由于DIA对每一窗口内所有母离子进行同时碎裂，导致其MS2谱图中包含了来自多个肽段的混合碎片，分析时存在：

• 碎片峰重叠与干扰，增加了谱图解卷积的难度；
• 对识别算法和谱图库质量要求更高，不如DDA“点对点”式匹配直观。

应对策略包括：

• 采用优化的分窗策略（如动态窗口、不等宽窗口）减少碎片共存；
• 构建高质量、高覆盖度的项目专属谱图库；
• 选用最新算法如DIA-NN、Spectronaut、FragPipe等提升解析精度。

2、数据处理流程复杂，分析门槛较高

DIA的结果依赖多步骤处理，包括：

• 原始数据预处理（峰识别、校准）
• 肽段匹配与定量（光谱解卷积）
• 蛋白层面的汇总与归一化
• 差异分析、统计检验、生物学解释

整个流程比DDA更复杂，对研究者的计算能力与数据解读经验提出更高要求。为解决这一问题，百泰派克提供一站式生信分析交付方案，包括：

* 差异蛋白统计检验（t检验、ANOVA等）

• GO/KEGG功能注释与富集
• 蛋白互作网络与聚类分析
• 可用于SCI文章投稿的标准图表

3、对特定研究类型仍有限制

DIA适用于绝大多数蛋白组定量项目，但在以下几类研究中仍需谨慎评估：

• 翻译后修饰组学（如磷酸化、乙酰化）：修饰肽段本身丰度低、共碎裂更严重，分析复杂度高；
• 极低丰度蛋白分析：即使全采集策略下，部分蛋白的信号仍难以稳定检测；
• 新肽段/突变肽鉴定：对谱图库覆盖率和搜索算法要求极高，建议配合DDA补充分析。

百泰派克生物科技的DIA定量服务

作为专注于高分辨率质谱与蛋白质组学服务的专业机构，百泰派克生物科技构建了成熟的DIA质谱分析体系，具备如下特色：

1、多平台支持：包括Thermo Orbitrap Exploris、Bruker timsTOF、SCIEX TripleTOF等

2、全流程标准化：覆盖样本处理、蛋白酶切、DIA采集、谱图库构建、数据分析

3、项目定制能力：根据研究目的灵活选择Label-free、TMT-DIA等策略

4、生信交付标准化：所有结果配套SCI投稿级别图表和分析报告

我们已成功服务多个高校、医院、研究所与生物医药企业，积累丰富的DIA项目落地经验，涵盖肿瘤、免疫、神经、代谢等多个研究方向。随着算法不断优化与仪器性能持续提升，DIA正在从“可选方案”走向“主流工具”，尤其适合面向生物网络全貌、样本批量处理与数据长期沉淀的科研任务。然而，科学地理解DIA的技术边界、合理设计实验流程、结合专业的数据分析支持，仍是确保结果可靠与高质量发表的关键。如您正考虑开展DIA相关项目，欢迎咨询百泰派克生物科技，我们将为您提供专业的技术建议与实验设计支持，助力科研突破与成果转化。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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