亲和纯化质谱（Affinity Purification-Mass Spectrometry, AP-MS） 是一种将亲和纯化技术与质谱分析相结合的强大工具，用于研究分子间相互作用、蛋白质复合物的组成以及功能性分子的动态行为。该技术的核心理念是通过目标分子（如蛋白质、核酸或小分子）的特异性结合特性，将其从复杂的生物样本中分离出来，同时捕获与其相关联的相互作用分子，随后利用质谱技术对这些分子进行鉴定和定量分析。与传统的蛋白质组学方法相比，该技术能够在高度复杂的背景中精准捕获特定分子及其结合伙伴，从而大幅提高分析的灵敏度和特异性。亲和纯化质谱的应用场景十分广泛，尤其在研究细胞信号传递、代谢调控和疾病分子机制等领域具有重要价值。例如，在信号传导研究中，某些关键蛋白通过与下游分子的特异性结合启动一系列生物学反应，而亲和纯化质谱能够捕获这些结合分子，揭示信号传递路径的核心节点。除此之外，该技术还在病毒感染研究中表现出不可替代的作用，帮助科学家解析病毒蛋白与宿主细胞蛋白的相互作用，为新型抗病毒药物的开发提供分子靶点。近年来，随着质谱技术的不断进步，该技术已成为蛋白质组学研究的主流工具之一。特别是在研究复杂生物样本时，它能够深入挖掘蛋白质间的功能性网络，帮助科学家从分子层面理解生命活动的动态机制。

一、亲和纯化质谱的实验流程

1、样本制备

（1）目标分子表达与标记：通过基因工程技术表达带有特定标签的目标蛋白，或直接使用抗体捕获内源性目标分子。

（2）样本裂解：将细胞或组织裂解，获得完整的蛋白质样本，避免降解和非特异性修饰。

2、亲和纯化

（1）固定化亲和基质：将抗体、配体或标签结合树脂，用于捕获目标分子及其复合物。

（2）结合与洗涤：将样本与亲和基质结合，并通过优化洗涤条件，去除非特异性结合物。

（3）洗脱：采用适当的缓冲液条件（如改变 pH 或使用竞争性配体），释放目标分子及其结合物。

3、质谱分析

（1）蛋白质消化：通过胰蛋白酶或其他蛋白酶，将捕获的蛋白质分解成多肽片段。

（2）质谱检测：利用液相色谱-质谱联用技术（LC-MS/MS）进行检测，获得蛋白质序列信息。

（3）数据分析：通过生物信息学工具对质谱数据进行解析，鉴定目标分子及其相互作用蛋白。

二、亲和纯化质谱的应用场景

1、蛋白质-蛋白质相互作用研究

亲和纯化质谱是研究蛋白质相互作用的核心工具。例如，在研究信号通路时，可以通过捕获关键信号分子及其结合物，解析调控网络的关键节点。

2、靶点鉴定

在药物开发中，亲和纯化质谱能够帮助筛选与药物分子结合的潜在靶点，为药物机制研究提供重要数据支持。例如，小分子药物通过与蛋白质结合实现功能，AP-MS 技术能够捕获这些结合蛋白。

3、复合物组装与动态变化研究

许多生物学功能由蛋白质复合物协同完成，例如核糖体的组装、细胞骨架的动态调控等。通过亲和纯化质谱，可以研究复合物的组装过程及其动态变化

三、亲和纯化质谱的技术优势

1、高灵敏度与特异性：通过结合亲和纯化与质谱，能够从复杂的蛋白质混合物中精准捕获目标分子及其复合物。

2、全局与局部结合：不仅能分析全局蛋白质组，还可以聚焦特定分子间的直接相互作用。

3、灵活性强：可结合多种亲和技术（如标签法、抗体法）和质谱平台，适应不同实验需求。

四、亲和纯化质谱的注意事项与常见问题

1、非特异性结合

（1）非特异性结合是亲和纯化中的主要挑战。通过优化洗涤条件（如提高盐浓度或加入去污剂），可以有效减少背景信号。

（2）使用对照组（如空载载体或非靶标抗体）有助于排除非特异性信号。

2、靶标降解与修饰

靶标在样本制备过程中可能降解或发生翻译后修饰，这可能影响结合物的纯化效果，快速的样本处理和适当的抑制剂使用是关键。

3、低丰度蛋白检测

低丰度蛋白可能难以在质谱中被有效检测，结合多轮纯化或高灵敏度质谱仪可以改善这一问题。

百泰派克生物科技专注于提供高质量的蛋白质相互作用质谱分析服务，我们的服务涵盖从实验设计、样本制备到数据分析的全过程，确保实验结果的可靠性和可重复性。选择百泰派克，让我们为您的科学研究提供专业支持，助力突破性成果的实现。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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